Английский язык
В школе Ломоносова изучается английский язык (4 часа) в каждом классе и нелингвистических дисциплин на английском языке: культура Англии, история Англии, английская литература, география Англии. В 10 и 11 классах добавляются специальные учебные курсы - перевод и письменная переписка. По окончании обучения выпускники билингвального отделения получают сертификат или письменное подтверждение, который дает право продолжить обучение в международных университетах, основной язык преподавания которых английский. Для получения сертификата учащиеся должны продемонстрировать высокий уровень владения английского языка В1-В2. Школа имеет заключенные партнерские договоры по реализации индивидуальных и групповых долгих и краткосрочных программ языковых программ дополнительного образования за рубежом. В школе преподают педагоги-носители английского языка, что дает максимизация эффекта от погружения в англоязычную среду. Постоянное общение ученика с учителем на английском языке позволяет постоянно находиться в англоязычной среде. А это положительно сказывается на усвоении материала, и формирует важнейшие языковые навыки. Разговорная и письменная практика такого уровня позволяет значительно быстрее и лучше усвоить лексические обороты речи и улучшить свое произношение.

Кыргызский язык
Для школы важной ценностью является сохранить национальный язык и культуру. В школе кыргызский язык преподается государственной требованию и базисной учебной программе Министерство образования и науки Кыргызской Республики. Дополнительно к этим предметам введен предмет дополнительного образования - Кыргызская культура и искусство. С университетом им И. Арабаева подписан меморандум о совместной деятельность, который направлен на формирование и реализацию у обучающихся Школы Ломоносова и сторонних школьников к продвижению национальной культуры и образования. В ходе деятельности проводятся конференции, встречи с доцентами, профессорами и администрацией университета для эффективного поступления на программы высшего образования. Для школьников и социальных партнеров создаются условия для изучения кургызского языка, культуры и литературы. Школа имеет книги, учебники и другие библиотечные материалы на кыргызском языке. Кыргызский язык имеет установленную степень лексического схождения между тюркскими языками, что позволяет при дополнительном краткосрочном обучении (до 6 месяцев) претендовать на обучение на казахских, турецких, татарских и узбекских программах высшего образования.

Русский язык
Вторым языком по значению в Кыргызской Республики является русский, который по сей день является языком межкультурного общения жителей стран СНГ и стран постсоветских территории. Многие слова русского языка вошли в языки народов мира без перевода. Эти заимствования из русского языка или через него наблюдались с давних пор, что определяет историко-культурный компонент взаимодействия двух стран. Школа имеет договоры взаимодействия партнерских университетов России, которые координируют образовательную деятельность на русском языке. Уже несколько лет школа является стратегическим партнеров российского гуманитарного проекта "Российский учитель за рубежом, который ежегодно направляет лучших педагогов из России в школу для реализации национальных программа на русском языке. Более 30 процентов выпускники Школы Ломоносова поступают в флагманский университеты России: МГУ им М.В. Ломоносова, Высшая школа экономики (Москва и Санкт-Петербург), Национально-исследовательский ядерный университет, Санкт-Петербургский государственный университет телекоммуникаций.

Китайский язык
С 2021 года при поддержке отдела культуры и образования посольства Китайской Народной Республики в Республике Кыргызстане в школе преподается китайский язык. С 2024-2025 учебного года в школе запуститься курс дополнительного образования по китайской каллиграфии, письменности и культуре. Также в школе имеется партнерское соглашение с Шанхайским университетом - государственное учреждение в Поднебесной, основанное в 1922 году. Является одним из ключевых исследовательских ВУЗов КНР, который стабильно входит в 30-ку лучших учебных заведений страны. После прохождения базового курса в школе, образовательная обменная программа посольство Китая в Кыргызстане может направить желающих на образовательный год, а также после окончания школы в университеты Китая, которые входя в 100 лучших университетов мира.

Немецкий язык
Ежегодно в школе организуются программа образовательного месяца в Берлине, в школе партнере - международная школа им. М. Ломоносова Берлин-Тиргартен, одобренная Сенатом Берлина и в 2011 году признанная государством, начала свою работу в 2006 году.
В Школе Ломоносова в Караколе с 2024 года будут организованна программа дополнительного образования во внеурочное время, которая позволит обучающимся проходить стажировочные месяца в Германии, знакомиться с культурой Европы и реализовывать международные социально-образовательные проекты. В школе работают одни из лучших педагогов-германистов города Каракол, которые уже имеют профессиональные достижения и достижения учеников. В течении нескольких лет школа реализует программу с Гёте-Институтом (Германия) по получению Немецкий языковой диплом (DSD) для поступления в лучшие университеты Германии.